Thèse Microbiote du Lait Maternel et Microbiome Fécal du Nourrisson dans le Contexte de la Bronchiolite Aiguë H/F - 13

Établissement : Aix Marseille Université
École doctorale : Recherches Biomédicales
Laboratoire de recherche : MEPHI - Microbes Evolution Phylogénie et Infections
Direction de la thèse : Matthieu MILLION ORCID 0000000255566947
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-26T23:59:59

Selon l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), l'allaitement maternel est non seulement la meilleure source de nutrition pour le nourrisson, mais également le moyen le plus efficace d'assurer sa survie et sa santé. Cela s'applique également aux infections respiratoires, y compris la bronchiolite, les nourrissons allaités présentant une incidence et une sévérité réduites des infections à VRS par rapport aux nourrissons nourris au lait maternisé². En effet, le lait maternel est un fluide biologique complexe composé de macronutriments (glucides, lipides et protéines), de micronutriments (vitamines, minéraux), de molécules fonctionnelles (anticorps, cytokines, hormones) ainsi que de cellules immunitaires et d'un microbiote résident diversifié. Au-delà de la nutrition, le lait maternel participe au développement du microbiome intestinal du nourrisson par le biais de ses communautés microbiennes et des oligosaccharides du lait humain (HMO), qui favorisent sélectivement la croissance de taxons bénéfiques tels que Bifidobacterium spp., stimulent la maturation immunitaire et assurent une protection directe contre les pathogènes. Les HMO présentent un intérêt particulier dans le contexte de la bronchiolite à VRS : des études in vitro ont montré que des HMO tels que le 2'-fucosyllactose et le lacto-N-néotétraose réduisent la charge virale et la signalisation inflammatoire dans des cellules respiratoires infectées par le VRS. Par ailleurs, ces HMO sont métabolisés par les Bifidobacterium intestinales en acides gras à chaîne courte (AGCC), en particulier l'acétate, qui peut atteindre les poumons par la circulation systémique et renforcer les réponses immunitaires innées antivirales via la production d'IFN- médiée par GPR43¹. De plus, la composition immunologique du lait maternel semble elle-même répondre de manière dynamique aux infections infantiles¹¹. Des données récentes suggèrent qu'il y a également une altération du microbiote fécal infantile ¹², avec l'identification de profils microbiens fécaux distincts chez des nourrissons à l'âge de trois mois. Cependant, à notre connaissance, aucune étude prospective longitudinale n'a simultanément caractérisé le microbiome du lait maternel, sa composition immunologique et le microbiome fécal du nourrisson avant et pendant un épisode de bronchiolite au sein des mêmes dyades mère-enfant.
Notre étude sera une étude de cohorte prospective longitudinale dans laquelle des nourrissons de moins de trois mois exclusivement allaités seront inclus avant la saison de bronchiolite, avec un recueil d'échantillons de lait maternel et de selles à l'inclusion (T0). Pour les nourrissons développant ultérieurement une bronchiolite, des échantillons appariés seront également collectés au moment de l'infection (T1). L'étude sera menée après approbation éthique et accord du Comité de Protection des Personnes (CPP) de l'hôpital de la Timone, et avec le consentement éclairé des parents ou des représentants légaux. Les objectifs de cette étude seront :
(1) Comparer, au moment de l'inclusion, le microbiome du lait maternel des mères dont les nourrissons développent ultérieurement une bronchiolite avec celui des mères dont les nourrissons restent sains, par métagénomique totale et culturomique.
(2) Comparer, au moment de l'inclusion, la composition métabolique et immunologique du lait maternel (incluant les IgA sécrétoires, le TGF-, l'IL-6, l'IL-10, l'IFN- et la lactoferrine) entre les deux groupes.
(3) Caractériser la dynamique des microbiomes du lait maternel et des selles du nourrisson entre l'inclusion (T0) et l'épisode de bronchiolite (T1) par des comparaisons intra-individuelles appariées.
(4) Étudier la transmission verticale des espèces microbiennes du lait maternel vers l'intestin du nourrisson au sein de chaque dyade mère-enfant, et déterminer si les profils de transmission diffèrent entre les nourrissons développant une bronchiolite et ceux restant sains.

La bronchiolite aiguë est l'infection des voies respiratoires basses la plus fréquente et la première cause d'hospitalisation chez le nourrisson de moins de six mois¹. Son principal agent étiologique, le virus respiratoire syncytial (VRS), est responsable de 33 millions de cas et de plus de 3,4 millions d'hospitalisations chez les enfants de moins de cinq ans dans le monde¹². La réponse à l'infection par le VRS chez le nourrisson est très hétérogène, allant du portage asymptomatique ou de symptômes respiratoires bénins à des infections sévères des voies respiratoires basses nécessitant une intubation³. Cette hétérogénéité clinique reste mal comprise et constitue l'un des défis majeurs de la prise en charge de la bronchiolite. De plus, la bronchiolite sévère est un facteur de risque reconnu de développement de sifflements récurrents et d'asthme dans l'enfance avec environ un tiers des nourrissons hospitalisés développant ultérieurement un asthme. Comprendre cette pathologie, améliorer sa prise en charge et sa prévention représentent donc des enjeux de santé publiques majeurs.

nourrissons développent ultérieurement une bronchiolite avec celui des mères dont les nourrissons restent sains, par métagénomique totale et culturomique.
(2) Comparer, au moment de l'inclusion, la composition métabolique et immunologique du lait maternel (incluant les IgA sécrétoires, le TGF-, l'IL-6, l'IL-10, l'IFN- et la lactoferrine) entre les deux groupes.
(3) Caractériser la dynamique des microbiomes du lait maternel et des selles du nourrisson entre l'inclusion (T0) et l'épisode de bronchiolite (T1) par des comparaisons intra-individuelles appariées.
(4) Étudier la transmission verticale des espèces microbiennes du lait maternel vers l'intestin du nourrisson au sein de chaque dyade mère-enfant, et déterminer si les profils de transmission diffèrent entre les nourrissons développant une bronchiolite et ceux restant sains.